2012年全国女子足球联赛与之前赛季相同为双循环分站式赛制。本届赛事原有16只队伍参赛，但在第六站比赛后，新疆女足退出，其已完成的比赛净胜球大于等于3球的按实际比分，小于3球则按判新疆0-3负计算。